Aplysina aerophoba tập trung thành mảng đến 1 m (3 ft) với các hình dạng không đều, màu vàng[2], hình ống. Ống riêng lẻ lên đến 4 cm (1,6 in) dài và 2,5 cm (1,0 in) rộng, với cấu trúc bài tiết (osculum) nhỏ hoặc lỗ hút nước ở trung tâm của đáy phẳng của nó. Bề mặt của cả khối và ống cơ bản đều có các hình trụ nhỏ, có chiều dài thay đổi. Bề mặt trơn khi chạm vào, kết cấu chắc chắn và đàn hồi.[2] Khi ra khỏi nước, loài bọt biển này chuyển sang màu xanh đậm, cho nên mới có tên gọi là "aerophoba" (tiếng Hy Lạp: "sợ không khí").[2]

Aplysina aerophoba có thể bị nhầm lẫn với một loài bọt biển màu vàng khác, Aplysina cavernicola, nhưng cả hai có cấu trúc cơ thể, hình thái và sắc tố khác nhau, và phân bố ở các môi trường sống khác nhau, A. aerophoba được tìm thấy ở các địa điểm có ánh nắng và A. cavernicola trong các hang động dưới biển. Một loài bọt biển vàng lùn khác, không giống loài tương tự, đã được tìm thấy ở Địa Trung Hải vào đầu thế kỷ 21; phân tích di truyền đã xác nhận rằng nó là một dạng thu nhỏ của A. aerophoba.[3]

Dạng bọt biển lùn có màu vàng lưu huỳnh sáng, chúng tạo thành các mảng nhỏ hình thùy trên bề mặt đá. Những thứ này thường không chạm vào nhau, nhưng có thể có một số phần liên kết giữa chúng. Mỗi thùy có đường kính khoảng từ 2 và 15 mm (0,1 và 0,6 in) và thường có các hình chiếu hình trụ nhỏ, mảnh, dài vài mm. Bề mặt bị rỗ với các vết thủng nhỏ tương ứng với các lỗ chân lông. Chúng có các cấu trúc bài tiết rất nhỏ, thường có đường kính dưới 1 mm.[4]